Chất thải lây nhiễm sắc nhọn có thể chọc thủng hoặc gây ra các vết cắt, gây nhiễm khuẩn do dính, chứa máu của cơ thể hoặc chứa vi sinh vật gây bệnh trong các hoạt động y tế. Nếu chất thải lây nhiễm sắc nhọn không được thải bỏ đúng cách thì các nhân viên y tế và cộng đồng có thể bị tổn thương do vật sắc nhọn. Đặc biệt các vật sắc nhọn có dính máu, dịch cơ thể của các bệnh nhân mắc các bệnh truyền nhiễm có nguy cơ cao lây nhiễm các mầm bệnh truyền qua đường máu như HIV, viêm gan B, viêm gan C.

Chất thải lây nhiễm không sắc nhọn không được quản lý đúng cách sẽ dẫn đến dễ bị lây nhiễm các bệnh lây qua đường máu (như HIV, viêm gan B, viêm gan C…); các bệnh lây qua đường hô hấp (như SARS, lao, sởi, rubella, quai bị, …); và các bệnh lây qua đường tiêu hóa như tiêu chảy, tả, lỵ, thương hàn, …

Chất thải nguy hại không lây nhiễm không được quản lý đúng cách có thể gây nhiễm độc cấp tính nếu tiếp xúc ở nồng độ cao hoặc hít phải hơi độc, gây bỏng nếu tiếp xúc trực tiếp qua da, niêm mạc đường hô hấp hoặc bị bắn vào mắt, đặc biệt khi tiếp xúc với các chất dễ cháy, chất ăn mòn như các chất khử trùng, các hóa chất gây phản ứng như formaldehyde và các chất dễ bay hơi khác. Ngoài ra, khi lưu trữ một lượng lớn các chất thải hóa học dễ cháy, hoặc lưu trữ cùng nhau dễ gây ra các phản ứng, dẫn đến nguy cơ cháy nổ rất lớn.