Trung tâm Y tế huyện Đầm Dơi được thành lập theo Quyết định số 1013/QĐ-UBND ngày 03/7/2008 của UBND tỉnh. Đến tháng 12 năm 2019, Trung tâm Dân số - Kế hoạch hóa gia đình huyện sáp nhập vào Trung tâm Y tế Đầm Dơi. Hiện Trung tâm Y tế có 2 phòng chức năng và 5 khoa, 15 Trạm Y tế và 1 Phòng khám Đa khoa khu vực với 150 viên chức và người lao động, trong đó có 42 bác sĩ.

      Thời gian qua, Trung tâm Y tế Đầm Dơi đã không ngừng nỗ lực, phấn đấu, đáp ứng tốt nhu cầu khám chữa bệnh của người dân, thực hiện các hoạt động cung cấp dịch vụ chuyên môn, kỹ thuật về y tế dự phòng; về chăm sóc sức khỏe sinh sản; về an toàn thực phẩm; về dân số; thực hiện các xét nghiệm phục vụ cho hoạt động chuyên môn, kỹ thuật theo chức năng, nhiệm vụ của Trung tâm Y tế và nhu cầu của người dân. Thời gian tới, Trung tâm Y tế Đầm Dơi tiếp tục nâng cao chất lượng để đáp ứng nhu cầu chăm sóc sức khỏe cho người dân.